腎囊腫手術后腰疼可能是末梢神經受損導致的，也可能是炎癥刺激周圍組織引起的疼痛感，患者可以到醫院就診，查明病因，在醫生指導下對癥治療。具體原因如下：
1.末梢神經受損：腎囊腫屬于腎臟結構異常疾病，在腎囊腫手術過程當中需要切開皮膚，會損害周圍的末梢神經，如果末梢神經愈合慢，很有可能會導致術后腰部酸痛和脹痛，從而出現腎囊腫手術后腰疼的癥狀。患者應該以調理為主，在醫生指導下服用甲鈷胺片、谷維素片、維生素B12片等營養神經的藥物，幫助神經愈合。
2.炎癥刺激：做腎囊腫手術過程當中也會留下一定后遺癥，如果在恢復過程當中沒有做好傷口的護理，會導致傷口出現感染，炎癥會刺激周圍的組織也可能會引起腰疼，腰部受涼之后也會造成疼痛，患者應該在醫生指導下服用布洛芬緩釋膠囊、阿司匹林片、諾氟沙星片等藥物進行治療，并且還要加強腰部的保暖。