甲狀腺囊腫一般直接手術切除，但由于每個患者的具體病情不同，所以部分患者可能會更加適合穿刺。如果患者是良性的小囊腫，一般是無需治療的，只需要定期隨訪觀察，監測囊腫是否變大。如果囊腫變大，可以在進行下一步的治療。如果是良性的大囊腫，可以通過穿刺治療。但如果是惡性囊腫，一般建議直接切除。
患者甲狀腺囊腫術后需要注意補充高蛋白食物，以調節高代謝狀態。注意調節情緒，避免緊張情緒，避免內分泌紊亂。定期進行彩超檢查以及保持營養均衡，避免甲狀腺囊腫復發。