口腔體溫計和腋下體溫計都用于測量人體的基礎體溫，但口腔體溫計和腋下體溫計的種類、測量標準、測量時間、測量方法、適用范圍，以及使用期間注意事項具有一定的區別。
1、種類不同：口腔體溫計主要使用水銀制成的體溫計，而腋下體溫計常用有水銀及電子兩種；
2、測量標準：口腔體溫計測量正常值為36.3-37.2℃，腋下體溫計正常值為36.0-37.0℃；
3、測量時間：口腔體溫計測量時間大約需5分鐘，腋下體溫計測量時間在5-10分鐘；
4、測量方法：口腔體溫計測量時將溫度計的水銀頭含入舌下，腋下體溫計測量時需注意被測者上臂緊貼胸廓，使腋窩緊閉，形成人工體腔，機體內部的熱量經過一定的時間逐漸傳導至腋下，使腋下溫度升高至接近于體核溫度；
5、適用范圍：口腔體溫計使用比較方便，屬于臨床上常用的測溫方法，而腋下溫度在臨床上和日常生活中，都被廣泛應用；
6、注意事項：口腔溫度易受呼吸及食物等因素的影響，測量時需注意避免這些干擾因素，此外，對于不能配合測量的人群，如哭鬧的小兒和精神病患者，則不宜測量口腔溫度。腋下體溫計測量時，需注意保持腋下干燥，并移走附近冷、熱源。