自身免疫性腦炎最佳治療時間為發病的初期，當患有自身免疫性腦炎后，應及時去醫院急診科或神經內科進行就診，并做針對性的處理和治療，避免延誤治療影響身體健康。
自身免疫性腦炎是一種自身免疫反應介導的腦炎，此疾病主要考慮與自身免疫因素異常、腫瘤、感染等誘因有關。當患有自身免疫性腦炎后炎癥會反復刺激腦部神經，使患者出現認知功能障礙、精神行為異常，并且自身免疫性腦炎發作時也會導致大腦皮層異常放電，從而引起患者出現突發性癲癇，也可一定程度上影響到患者的語言功能以及運動功能，對于機體的影響較大，所以一旦發現自身免疫性腦炎后應立即進行治療。在發病的初期為最佳治療時間，在此時治療時，可以較好地控制病情，可在醫生指導下使用甲潑尼龍片、醋酸潑尼松片等糖皮質激素藥物進行治療。在發病初期應用藥物，可以較好地減輕腦內炎癥反應，也可以減輕腦內水腫，同時可以使用丙戊酸鈉緩釋片、地西泮片進行抗癲癇治療。在發病初期通過以上治療后，可以達到較好的治療效果，所以屬于最佳治療時間。
自身免疫性腦炎患者生活中也可在醫生或營養師的指導下適當地補充營養素，有助于病情恢復。同時需要注意休息，不要熬夜，避免勞累，注意養成規律作息。