孕早期甲減可能會影響胎兒智商，還有可能影響胎兒神經系統的發育，也會造成流產等。
如果懷孕前沒有甲減，懷孕后剛發現的甲狀腺功能減退癥，要在發現之后就要及時的給予甲狀腺激素替代治療。懷孕初期是胎兒神經系統發育的關鍵時期，甲狀腺激素是神經發育必不可少的一種內分泌激素，所以一定要及時的開始甲狀腺激素替代治療。注意定期的復查甲狀腺的功能，監測激素劑量的調整。
如果懷孕之前已經患有甲減，然后在無意當中發現了懷孕。最好是在準備懷孕之前就要把甲狀腺功能調整到大體正常和平衡的狀態，在病情穩定之后再考慮妊娠和懷孕。