多柔比星脂質體化療的副作用主要有骨髓抑制、心臟毒性、胃腸道不良反應以及脫發等，但每個患者的病情嚴重程度不同、體質不同、對藥物敏感程度不同，所以副作用具體表現也會存在一定差異。
1、骨髓抑制：這是比較常見的副作用，多柔比星脂質體在殺滅正常細胞時，也會殺滅白細胞、血小板、血紅蛋白等，導致患者出現白細胞過低、貧血、乏力等情況；
2、心臟毒性：多柔比星脂質體化療屬于全身性的治療，藥物進入血液后，會作用于心臟，長時間服用后毒性大量堆積在心臟，就會出現心肌損傷，從而導致心臟問題，如胸悶、胸痛等；
3、胃腸道不良反應：比較典型的是反胃、惡心、嘔吐以及腹痛等，多柔比星脂質體帶有的毒副作用刺激胃腸道黏膜，使其出現水腫、充血等情況，最后出現上述癥狀，嚴重者還可能伴有出血、糜爛等問題。輕度患者無需進行治療，如反應過于明顯，則可服用胃黏膜保護劑等藥物進行治療，如硫糖鋁、奧美拉唑等；
4、脫發：多柔比星脂質體會傷害頭皮細胞和毛囊，從而引起脫發情況。治療過程中脫發一般沒辦法改善，但化療結束之后三個月左右，毛發可重新長出。