艾普拉唑和奧美拉唑雖然同為質子泵抑制劑，但在臨床上的功效略有不同，適合不同的胃病，所以不能簡單地說哪個治胃病更好。在作用方面，奧美拉唑的適用面更廣，在副作用方面，艾普拉唑副作用更小，患者應在醫生指導下選擇合適的藥物進行治療。
1、艾普拉唑：主要作用是通過抑制胃酸分泌，對胃和十二指腸潰瘍起到治療作用，可保護黏膜和腸道，對胃炎和胃潰瘍起保護作用。艾普拉唑一般為片劑，起效時間比奧美拉唑更快。常見不良反應有腹瀉、頭暈等，少數會出現腰痛、月經延遲；
2、奧美拉唑：用于治療應激性潰瘍、胃和十二指腸潰瘍、反流性食管炎、胃泌素瘤等上消化道疾病，也可用于治療反酸、燒心等胃酸分泌過多導致的相關狀況，此外，還可以使用四聯治療法根除幽門螺桿菌。奧美拉唑劑型多種，更適合不能直接吞服，需要胃管注入的臥床患者，但起效時間較慢。奧美拉唑的不良反應與艾普拉唑不良反應大致相似。
兩種藥物治胃病哪個更好很難評定，只有對癥下藥才是最好的，在使用這兩種藥物之前建議咨詢醫生，獲取專業意見。