少數川崎病患者復發過一次還會復發，川崎病的復發率較低，多數患者的預后良好。如果自身出現疾病復發，需及時進行治療，避免病情加重。
川崎病的病理變化為全身性血管炎，易累及冠狀動脈。早期發現，經過治療后，多數患者不會出現冠狀動脈損傷，少數患者沒有及時發現疾病，可能會形成血栓和動脈瘤等病變。川崎病存在一定復發幾率，但幾率較低，為1%-2%，具體是否會復發與個人體質有關。
如果患者已經復發過一次，仍然可能會再次復發。對于無冠狀動脈病變的患者，建議于出院后1、3、6個月及1-2年進行一次全面檢查，包括體格檢查、心電圖和超聲心動圖等，了解身體情況。未經有效治療的患者，應長期密切隨訪，每6-12個月復查一次，有助于預防疾病復發。