孕酮比第一次查降低了可能是正常的生理現象、黃體功能不全、甲狀腺功能異常等原因造成的，需要根據病情對癥治療。
1、正常的生理現象：孕酮具有波動性，會隨著患者的飲食、情緒、懷孕的月份等因素而發生改變，如果患者的孕酮數值還處于正常的范圍，一般屬于正常的生理現象，不需要進行特殊的治療。
2、黃體功能不全：黃體在體內的功能主要是分泌雌孕激素，而孕酮屬于黃體分泌的激素，如果患者黃體功能不全，就會影響黃體分泌的激素，從而導致孕酮分泌不足，在做檢查的時候就會出現孕酮比第一次查降低，可以遵醫囑通過補充孕激素或雌激素的方法進行治療。
3、甲狀腺功能異常：甲狀腺屬于內分泌器官，如果甲狀腺功能出現了異常，會導致患者出現心慌、怕熱、手抖等癥狀，同時也會影響體內孕酮的分泌，造成患者出現孕酮降低的情況，需要在醫生的指導下口服藥物進行治療，比如甲巰咪唑、丙硫氧嘧啶等，嚴重的時候可以采取手術的方法。
建議患者到正規的醫院就診，明確病因，遵醫囑進行針對性的治療。