鋇餐檢查和胃鏡檢查各有各的優點和危害，具體哪個危害少，不可一概而論，需要結合患者的具體病情和看病需求進行選擇，醫生會選擇合適患者情況的檢查方式。
鋇餐檢查是在服用可食用的鋇劑之后，在X線透視下觀察鋇劑通過消化道黏膜形成的影像，判斷是否有消化道病變。短時或偶爾進行X線檢查，對人體影響很小，但長時間或反復進行檢查，對人體的輻射傷害會增加。對于有活動性消化道出血的患者，不可以使用鋇餐檢查，否則對人體會造成一定的損害，有消化道穿孔的患者，更不能做鋇餐檢查。
胃鏡檢查是一種可視化的消化內鏡，通常來說對于人體并不會造成直接損害。但是在檢查過程中，如果操作不當，也有可能會造成咽喉部位、食管、胃部黏膜損傷，還有極少數的患者做胃鏡，可能會出現一些消化道痙攣、消化道出血、消化道穿孔等并發癥，但是發生率較低。另外做普通胃鏡，患者還會有比較明顯的惡心、嘔吐等痛苦感覺。如果是做無痛胃鏡，在麻醉的情況之下，所感受到的痛苦會較小。胃鏡下可以直接觀察到食道和胃黏膜是否有病變，如果發現有息肉、潰瘍等，可以直接進行胃鏡下切除，留取病理標本。如果有消化道出血的患者，胃鏡檢查也可以直接找到出血點，給予內鏡下的止血治療。
因此，臨床上為了有效診斷消化道病變的原因，一般建議直接進行胃鏡檢查。如果鋇餐檢查發現有問題，后續還是需要去進行胃鏡檢查，進一步確診。