碘伏可以消毒口腔內，也可進行口腔外消毒，如面部皮膚消毒等，但需注意對碘伏過敏者禁止使用，且消毒口腔內的過程中需防止誤吸，防止吞入，以免造成不良影響。
碘伏是一種外用藥物，具有廣譜殺菌作用，可抑制細菌繁殖體、真菌、原蟲和部分病毒等，是臨床上常用的消毒劑，可用于皮膚、黏膜的消毒，也可用于燙傷。碘伏消毒口腔內常見于注射麻藥或需要進行手術切開、拔牙等操作。如果對碘伏不過敏，在應用碘伏進行口腔內消毒時，可利用棉球、紗布等工具，避免將過多的碘伏液倒入口內而誤吸、嗆咳或誤吞，誤吸量較大可對肺部組織造成損傷。如果對碘伏過敏，則建議選擇醫用酒精進行消毒，以免導致喉頭水腫、哮喘樣發作等不良反應。
在進行口腔內手術時，為了減少不適的口腔刺激，可將碘伏先用鹽水稀釋，再用低濃度碘伏進行消毒，減少對口腔黏膜的刺激，使患者感覺更舒適，也可起到消毒作用，一般不會影響手術。如果碘伏不小心進入眼部，需立即用清水進行沖洗。