自體干細胞移植后腸道感染，可以通過口服消炎和理胃腸道的藥物治療，還可以通過飲食調理來改善感染癥狀。
1、藥物治療：自體肝細胞移植后產生的腸道感染，一般可以在醫生的指導下口服消炎和調理胃腸道的藥物治療，比如阿莫西林膠囊、多潘立酮片、奧美拉唑腸溶膠囊等，有消炎殺菌的效果，還可以調理胃腸道，加快胃腸道蠕動。
2、飲食調理：如果出現自體干細胞移植后腸道感染的情況，平時在飲食上需要忌辛辣、刺激的食物，需要多吃清淡容易消化的食物，比如蔬菜粥、紅棗蓮子粥等食物調理胃腸道。