乳酸桿菌主要存在人體的陰道和腸道，微生態失調可能是指陰道微生態失調，或腸道微生態失調，可能是不良飲食習慣、濫用抗生素、滴蟲性陰道炎、急性腸炎、類風濕關節炎引起的。
1、飲食習慣不良：可能由于挑食、偏食導致營養不良，導致乳酸桿菌相對缺乏，會出現腸道微生態失調的現象。此時可以通過飲食調整，三餐規律進食，注意膳食均衡，改善此種情況。
2、濫用抗生素：若長時間盲目應用抗生素類藥物，抗生素可以殺死有害細菌，但是對有益菌也有殺滅作用，可能會導致乳酸桿菌減少，出現腸道或陰道微生態失調的現象。此時可以在醫生的指導下減少抗生素類藥物的使用，以此來調節乳酸桿菌的數量。
3、滴蟲性陰道炎：健康女性陰道內存在大量乳酸桿菌，是陰道正常菌群中重要的益生菌成員，可以使陰道保持相對酸性的環境。若發生陰道毛滴蟲感染等情況，致病原可寄生于陰道內消耗糖原，妨礙乳酸桿菌對糖的酵解作用，導致乳酸濃度降低，從而出現陰道微生態失調的情況。確診滴蟲性陰道炎后，女性可遵醫囑使用甲硝唑片等藥物進行治療。
4、急性腸炎：可能由于飲食不潔，生化因素刺激腸道或腸道內繁殖有害病原菌，會引起菌群失調，由于有害菌增多，會抑制乳酸桿菌，導致腸道微生態失調。此時可遵醫囑服用腸炎寧片、美沙拉秦緩釋顆粒等藥物治療。
5、類風濕關節炎：其是由環境潮濕、受風、病毒感染等因素引發的慢性炎癥疾病，使得自身抵抗力下降，可能會導致菌群失調，抑制乳酸桿菌，此時可以在醫生的指導下服用抗風濕液、甲氨蝶呤片等藥物來治療。
若因乳酸桿菌異常導致了微生態失調，建議及時前往醫院的普通內科就診，完善血常規、血生化等檢查明確原因，積極進行改善。