宮頸柱狀上皮異位的物理治療一般不會對生育產生不良影響。如果不做任何處理就進行手術，會造成一定程度的出血和感染等并發癥，所以在臨床上對宮頸病變采取積極有效地預防措施非常重要。對于宮頸柱狀上皮異位的物理治療，通常涉及陰道臭氧、霧化或紅光的應用。
物理治療的核心目標是減輕宮頸柱狀上皮的異位面，從而減少充血和白帶分泌，但這并不會在宮頸留下明顯的瘢痕。因此，物理治療宮頸柱狀上皮異位并不會對女性的生育能力產生負面影響。如果出現了宮頸上皮異常增生或者有炎癥等情況，則可以通過手術切除來進行干預，而不是單純使用藥物。然而，對于宮頸柱狀上皮位置異常嚴重的女性來說，白帶分泌物可能過多，可能會覆蓋宮頸管口，從而影響精子的進入，這可能會對生育功能產生影響。
經過物理治療后，大多數女性的分泌物中可能會出現血絲，特別是當觸及較大的血管時，結痂脫落可能會伴隨著不規律的陰道出血。這是在物理治療過程中，有一部分女性由于局部刺激導致子宮內膜炎或宮頸炎等炎癥引起血循環障礙造成了血液回流受阻。當出血持續時間較長且持續不斷時，必須盡快進行婦科檢查，明確出血的具體位置并采取止血措施。另外，還可以在月經干凈之后服用一些藥物以減少或避免子宮內膜異位癥復發或者是其他婦科疾病。經過宮頸柱狀上皮異位的物理治療后，女性需要避免性行為長達三個月。