煙曲霉菌是一種重要的致病菌，如果存在煙曲霉菌肺部感染，可以在醫生指導下使用伊曲康唑、伏立康唑、卡泊芬凈、兩性霉素B等藥物進行治療。煙曲霉菌是侵襲性曲霉菌感染中，常被分離出來的曲霉菌，可以引起肺部感染以及鼻腔、眼睛、腦、骨骼感染，尤其是對存在免疫缺陷或易感因素的人群，更易發生煙曲霉菌感染。
煙曲霉菌屬于真菌的一種，屬于條件致病菌，通常并不感染正常人，但如果一次大量接觸過多的煙曲霉菌，正常人也可能發生煙曲霉菌感染。在煙曲霉菌感染肺部之后，治療煙曲霉菌肺部感染的藥物較多，如兩性霉素B，是治療各種真菌感染的抗真菌藥物，但由于兩性霉素B的副作用較多，能夠耐受該藥物治療的真菌感染患者不多，很多患者由于無法耐受兩性霉素B，以至于治療中斷。部分患者可以遵醫囑選用伊曲康唑、伏立康唑、卡泊芬凈等藥物，對控制煙曲霉菌肺部感染療效確切，且副作用小，尤其對侵襲性煙曲霉菌導致的肺部感染患者，需要使用此類藥物進行治療。
治療煙曲霉菌肺部感染的療程較長，至少需要一個月，有些患者甚至需要2-3個月。部分煙曲霉菌感染可以導致患者出現曲霉球，全身藥物治療很難使藥物進入曲霉球內，因此有時必須通過手術將曲霉球切除，聯合全身抗真菌治療才能達到臨床治愈。