亞急性甲狀腺炎輕癥的患者，通過治療可能2-3個月可以獲得治愈，少數患者可遷延至1-2年。但部分患者可能會出現永久性的甲狀腺功能減退。亞急性甲狀腺炎的病理特征為甲狀腺被破壞，甲狀腺功能暫時受到損害，典型的病情經過有甲狀腺功能亢進、甲狀腺功能減退及甲狀腺功能正常，應前往正規醫院的內分泌科進行治療。
亞急性甲狀腺炎具有自限性，多數患者在2-3個月可以恢復正常，治療關鍵在于早期診斷，以避免不適當及不必要的長期抗甲狀腺治療。甲狀腺功能亢進階段應避免應用抗甲狀腺制劑，應用鹽酸普萘洛爾片，可緩解大部分患者的臨床癥狀，嚴重者可應用糖皮質激素短期治療，應用醋酸潑尼松片1個月療程有助于縮短甲狀腺毒癥病程。
在功能減低階段，一般不需治療，如癥狀明顯時可短期(＜6個月)小量應用甲狀腺激素，永久性甲狀腺功能低下則進行終身替代治療，為縮小腫大的甲狀腺也可應用為期數月的甲狀腺激素治療。如果治療不及時，或者病情控制不穩定，也有可能導致病程延長至1-2年。
由于該病經常復發，甲狀腺抗體滴度逐漸升高，有發生甲狀腺功能減退的潛在危險，故需在臨床緩解數年內定期復查甲狀腺功能，一般為3個月或者6個月復查1次。