藍藥水通常指甲紫溶液，紅藥水一般指汞溴紅溶液。甲紫溶液和汞溴紅溶液的區別通常在于顏色、主要成分、作用。
1、顏色：甲紫溶液通常呈紫色，遇酸后可變為黃綠色；而汞溴紅溶液可呈櫻紅色或暗紅色，可帶熒光。
2、主要成分：甲紫溶液的主要成分為甲紫，而汞溴紅溶液主要含有汞溴紅。
3、作用：甲紫溶液屬于消毒防腐藥，能夠與微生物酶系統進行氫離子的競爭性對抗，有助于殺滅葡萄球菌、綠膿桿菌等病菌的活性，還可以在一定程度上發揮收斂作用。但汞溴紅溶液的防腐作用相對較弱，主要通過汞離子解離后與蛋白質結合來殺滅病菌。
需注意，在使用上述藥物時，患者應嚴格按照醫生指導來調整用量，以免刺激機體，出現患處灼熱、刺痛、腫脹等不適癥狀。