水牙線又稱為沖牙器，正確使用沖牙器一般不會產生害處，但如果過度使用或不正確的使用沖牙器，可能會造成牙齦損傷、菌群失調等害處。建議在出現食物嵌塞牙縫后使用，或者每天使用1-2次即可，不能過于頻繁地使用沖牙器。
1、牙齦損傷：過度使用沖牙器、水柱沖擊力過大，可能造成牙齦損傷，出現牙齦出血、疼痛等，甚至可能導致牙齦出現萎縮。部分人群喜歡在沖牙器中添加藥物，也可因藥物刺激牙床，導致牙齦損傷；
2、菌群失調：細菌在正常口腔內形成平衡的狀態，保持口腔的健康。但過度地使用沖牙器或在沖牙器中添加藥物，可能造成口腔內的菌群失調，從而出現感染的風險；
3、其他：過度使用沖牙器，也可能會讓口腔分泌過多的唾液，從而丟失過多的水分，使口腔內出現黏膜缺水，口腔干燥的癥狀。
當出現牙齦炎、食物嵌塞等，推薦合理使用沖牙器，可以起到去除食物嵌塞、清潔牙縫、緩解口腔異味等效果。若使用沖牙器后出現牙齦出血嚴重等不良反應，需要立即停止沖洗，并就醫檢查。