懷孕39周小腹一會疼一會不疼可能是子宮增大、先兆臨產、飲食不節等所致，建議通過適當休息、待產、改善飲食等進行處理。
1.子宮增大：懷孕39周屬于孕晚期，胎兒通常比較大，會導致子宮不斷增大，這會壓迫胃腸道，導致小腹時疼時不疼。建議注意休息，避免久站、長時間運動，以免加重不適。
2.先兆臨產：如果陰道同時排出含有血液的黏液白帶，小腹陣發性疼痛，可能是先兆臨產引起不規則陣痛所致。這種情況需要盡快收拾備產用品，去醫院待產。
3.飲食不節：懷孕39周時，部分孕婦為了給胎兒補充營養，會大量進食雞蛋、牛肉等高蛋白食物，這可能會導致消化不良，使腹部出現陣發性疼痛。建議孕婦調整飲食，避免暴飲暴食，以免加重胃腸負擔。
此外，若是孕婦患有腸道菌群失調癥、慢性腸炎等疾病，也可能會導致小腹不適，建議及時就醫。