替硝唑栓用于滴蟲性陰道炎及細菌性陰道病的治療，其使用次數跟藥物規格有關，并且不同廠商生產的藥物規格也不同，如果每枚中替硝唑含量較高，需要隔日使用，如果是每枚中替硝唑含量較少，則可以每天使用。
對于需要隔日使用的替硝唑栓，患者不可自行更改用法，需嚴格按照說明書，并在醫生指導下隔天一次使用。因為替硝唑栓主要成分為替硝唑，其藥物半衰期，即血液中藥物濃度或體內藥物量減低到1/2所需的時間，約為12-14小時，作用時間較長，如果每天使用替硝唑含量較高的替硝唑栓，會導致體內藥物量蓄積，刺激陰道黏膜引起不良反應。
另外，需要注意使用該藥物期間不應飲用含酒精的飲料，否則會引起不適反應，可出現腹部痙攣、惡心、嘔吐、頭痛、面部潮紅等癥狀。患者應避開月經期使用，可于月經后重復使用1個療程。栓劑的輔料可損傷乳膠制品，需避免與避孕套或陰道隔膜同時使用，用藥期間注意個人衛生，防止重復感染。