間充質干細胞臨床上指的是臍帶血間充質干細胞，而臍帶血干細胞一般是指臍帶血造血干細胞，二者之間的區別主要體現在來源不同、用途不同兩個方面。臍帶血間充質干細胞和臍帶血造血干細胞的臨床應用廣泛，具體使用應由專業醫生確定。
1、來源不同：臍帶血間充質干細胞是存在于新生兒臍帶組織中的干細胞，主要以人臍帶血血清為主體進行培養后的產物。而臍帶血造血干細胞是在胎兒娩出進行臍帶結扎離斷后，殘留在胎盤和臍帶血液中的造血干細胞；
2、用途不同：臍帶血間充質干細胞具有較高的分化能力，也有較強的免疫調節功能，可以治療系統性紅斑狼瘡、硬皮病等自身免疫性疾病，可降低疾病進行移植后出現的免疫排斥反應，提高治療的成功率。因其可以促進造血功能恢復，與臍帶血造血干細胞合用后，可增加白血病、難治性貧血等疾病的治愈率。而臍帶血造血干細胞，可以重建人體免疫、造血系統功能，主要用于治療免疫系統疾病，如自身免疫性溶血性貧血，血液系統疾病，如骨髓造血功能衰竭。