丙肝即慢性丙型肝炎，乙肝即慢性乙型肝炎，兩者都是病毒性肝炎，區別主要體現在病原學、主要傳播途徑、臨床表現、治療及預后、母嬰阻斷等方面。
1、病原學：丙肝由丙型肝炎病毒感染所致，為RNA病毒。乙肝由乙型肝炎病毒感染所致，為DNA病毒；
2、主要傳播途徑：兩者主要的傳播途徑包括血液、體液傳播，還有性傳播和母嬰傳播。丙型肝炎最主要的傳播途徑曾經是輸血及血制品，隨著血制品管理日趨規范以及有效篩查，此傳播途徑已明顯控制，而注射吸毒、針刺、有創檢查未徹底消毒是目前主要的傳播方式。乙型肝炎在我國最主要的傳播途徑為母嬰傳播，其中圍生期傳播和分娩過程中感染是母嬰傳播的主要方式；
3、臨床表現：急性丙型肝炎，多表現為急性無黃疸型肝炎，病情較輕，多數患者可轉為慢性。急性乙型肝炎多表現為急性黃疸型肝炎，病情偏重，除圍生期感染者，轉為慢性的患者是少數；
4、治療及預后：急性丙肝需要抗病毒治療，而急性乙肝不需要抗病毒治療。慢性丙肝的療程很短，一般12周，基本均可徹底治愈，慢性乙肝需要抗病毒治療，極少一部分可達到臨床治愈，不再用藥，大多數需長期用藥治療。丙肝病毒感染無論是否有肝損害，只要HCV-RNA陽性，即需抗病毒治療，而乙肝病毒攜帶者無肝損害，一般不進行抗病毒治療；
5、母嬰阻斷：丙肝一般建議先徹底治愈后再備孕，無母嬰阻斷措施。乙肝病毒攜帶者母親妊娠期間根據病毒載量不同，部分需要抗病毒治療，分娩后嬰兒需注射乙肝免疫球蛋白及乙肝疫苗進行母嬰阻斷。