通常來說，正常使用百草婦炎清栓不會破壞菌群，長期使用可能會出現破壞菌群的情況。
百草婦炎清栓是一種中藥栓劑，具有清熱解毒、殺蟲止癢、去瘀收斂等功效，在臨床上常用于輔助治療各種婦科疾病，比如外陰陰道假絲酵母菌病、細菌性陰道炎、滴蟲性陰道炎和宮頸柱狀上皮異位等。正常使用百草婦炎清栓可以在一定程度上減輕炎癥反應，一般不會破壞菌群，但是長期使用對陰道內壁和陰道菌群可能有一定的破壞性，存在破壞菌群的可能性。
治療期間要嚴格遵醫囑用藥治療，特別注意衛生，勤換洗內衣褲，保持局部清潔干爽，忌同房，以免損害身體健康。