糞便菌群分析正常范圍為腸球菌和大腸埃希菌占總量80%左右、過路菌、酵母菌一般不超過總量的10%。
正常情況下，存在于人體腸道的正常菌群為類桿菌、乳桿菌、大腸桿菌和腸球菌等，常見于少數過路菌，如金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌、副大腸桿菌、變形桿菌、白色念珠菌等。通常成人糞便中以大腸埃希菌和腸球菌等厭氧菌為主要菌群，約占80%；產氣桿菌、變形桿菌等多為過路菌，一般不會超過總量的10%。芽孢菌和酵母菌等，其總量大多也不會超過10%。大多數情況下，微生物、宿主和外界環境三者保持著微妙的動態平衡，出現生態失調，一般是出現了菌群失調。