通常情況下，甲狀腺癌手術難度比較大，但是對于不同分期的甲狀腺癌，其手術難度也會有不同的變化。針對晚期甲狀腺癌，甚至有無法進行手術的可能。
1、早期甲狀腺癌：此期腫瘤比較小，位于甲狀腺腺體內，沒有明顯的周圍器官侵犯，沒有或者少有周圍淋巴結的轉移，也沒有明顯的遠處器官轉移。對此，患者需要進行甲狀腺癌所在的腺體側葉切除手術，以及周圍淋巴結的預防性清掃。雖然患者在手術過程中會有損傷甲狀旁腺、氣管、食道、喉返神經及大血管的可能性，但總體手術難度相對較小，患者并發癥發生的可能性較小；
2、中期甲狀腺癌：此期腫瘤比較大，位于甲狀腺腺體內，會有周圍淋巴結的轉移，沒有明顯的周圍器官侵犯，患者需要進行甲狀腺癌所在的腺體側葉切除，周圍淋巴結的清掃。由于周圍有淋巴結的轉移，會加大淋巴組織清掃的難度，以及避免損傷甲狀旁腺、喉返神經的難度，相對早期甲狀腺癌而言，手術難度比較大，但手術一般可以順利進行，術后并發癥較少，恢復較快；
3、晚期甲狀腺癌：患者腫瘤非常大，對周圍的器官可能已經造成了明顯的轉移及侵犯，不僅周圍淋巴結出現轉移，遠處的淋巴結可能也出現了明顯轉移，甚至出現遠處器官的轉移。患者手術難度明顯增大，因為術中可能會出現許多加大手術難度的因素，例如需要進行氣管、食道、喉返神經的修復手術，手術勉強可以完成，但有可能會有腫瘤細胞殘留。術后患者可能會留下較為嚴重的并發癥，且恢復較慢。