九歲孩子剛睡著后兩三分鐘抖一下，可能是過度興奮、缺鈣、癲癇等因素所致，可通過改善生活習慣、使用藥物等方式進行治療，具體分析如下：
1.過度興奮：如果九歲孩子睡前過度運動、看動畫片等，可能會刺激大腦皮層，導致九歲孩子過度興奮，容易導致身體抖動，從而出現九歲孩子剛睡著后兩三分鐘抖一下的情況。這種情況一般不需要進行治療，家長應注意睡前不要讓九歲孩子劇烈運動或看動畫片，可以給九歲孩子聽舒緩的音樂或睡前故事，有助于九歲孩子入眠。
2.缺鈣：挑食、缺乏運動等因素可能會導致九歲孩子營養不良，出現缺鈣的情況，臨床癥狀為肌肉痙攣、抽搐等，還可能會導致九歲孩子剛睡著后兩三分鐘抖一下。在日常生活中，家長可適量給九歲孩子吃富含鈣質的食物，如奶類、豆類、魚類等，必要時可以遵醫囑給九歲孩子服用泛酸鈣片、乳酸鈣片、醋酸鈣片等藥物進行治療。
3.癲癇：疲勞、遺傳等因素可能會導致中樞神經系統結構損傷或功能異常，從而引發癲癇，臨床癥狀為肌肉痙攣、抽動、嗜睡等，還可能會導致九歲孩子剛睡著后兩三分鐘抖一下。家長平時可以給九歲孩子吃新鮮的蔬菜與水果，如白菜、西蘭花、蘋果等，還可以在醫生的指導下使用苯妥英鈉片、卡馬西平片、丙戊酸鈉片等藥物進行治療。