一般情況下，離肛門兩三公分長了個膿包可能是毛囊炎、肛周膿腫以及化膿性汗腺炎等原因導致的，可以通過應用藥物、手術等方式進行治療。
1、毛囊炎：一般是皮膚的皮脂腺分泌皮脂過于旺盛，容易引發細菌感染，并且過多的皮脂堵塞肛門周圍的皮膚，從而出現肛門周圍皮膚紅腫、疼痛的癥狀。患者可以在醫生指導下在患處涂抹莫匹羅星軟膏、酮康唑乳膏等藥物進行治療。
2、肛周膿腫：由于肛隱窩的開口是向上的，容易造成積糞，糞便中有大量的有害細菌，進而引發肛周感染，出現肛門周圍長腫塊、出膿液的癥狀。患者可以遵醫囑通過切開引流術、切開掛線術等手術方式進行治療。
3、化膿性汗腺炎：毛囊的上皮增生，從而導致引起毛囊角化過度和堵塞，使毛囊閉塞造成局部感染，出現皮膚結節、潰破等癥狀。患者可以通過在醫生指導下應用鹽酸克林霉素膠囊、鹽酸米諾環素膠囊等藥物進行治療。
除此之外，離肛門兩三公分長了個膿包也可能是皮膚癤腫、痔瘡等因素導致的，患者要就醫查明病因并進行治療。