動脈瘤樣骨囊腫是否會發生癌變，目前還存在爭議，目前有兩種說法，一種是動脈瘤樣骨囊腫存在癌變的可能，另一種是動脈瘤樣骨囊腫是一種繼發性改變，是由骨腫瘤演變而來，其發生癌變主要是骨腫瘤所引起，而非動脈瘤樣骨囊腫本身發生癌變。
動脈瘤樣骨囊腫是一種膨脹性的骨破壞瘤樣病變，是一種孤立、多房性囊腫，好發于年輕人。目前根據醫學界的兩種說法來看，動脈瘤樣骨囊腫后期可能會有癌變發生的可能，但是具體是動脈瘤樣骨囊腫產生的癌變，還是骨腫瘤引起的癌變，目前還存在爭議。雖然動脈瘤樣骨囊腫有癌變的可能，但是一般情況下還是可以治好，而且后期也有不再復發的病例。
動脈瘤樣骨囊腫推薦早期發現、早期治療，因為該病的確切病因目前無法具體闡述，所以會有很大的差異。目前動脈瘤樣骨囊腫主要的治療手段還是手術切除，其復發率較低。