大多數患者使用后沒有任何不適癥狀，只有少數患者會出現不良反應，克林霉素常見的副作用為胃腸道不適，一般在停藥3天內可消失。如果是過敏反應或者是中性粒細胞減少等，大約在停藥1周可恢復。克林霉素是一種快速抑菌劑，主要通過抑制細菌蛋白質的合成，從而起到抗菌作用，耐受性比較好。
克林霉素副作用通常有腹痛、腹瀉、惡心嘔吐等胃腸道癥狀，一般在停藥后24小時左右，癥狀可逐漸消失，一般持續時間不會超過3天。極少數癥狀嚴重的患者，可出現假膜性腸炎，表現為腹部絞痛、壓痛，可伴有發熱、異常口渴、嚴重腹瀉等癥狀，這種情況一般發生在長期用藥后，需要到醫院進行規范治療。部分患者還可有皮疹、瘙癢等過敏樣反應，癥狀較輕者1周內可恢復，嚴重者需要及時就醫，通過正規治療才可以逐漸恢復。另外，大劑量快速靜脈注射克林霉素時，可引起血壓下降、心律異常等，偶可引起心臟搏動和呼吸停止，一般這些副反應停藥后即可恢復。老年男性患者應用較大劑量時，可能因本品的神經肌肉阻滯作用，偶爾出現尿潴留現象，一般在停藥后就可恢復。
所以使用克林霉素后，如果副作用沒有及時消失恢復，并且癥狀較重者，要及時到醫院就診，在醫生指導下進行相應的處理，以免引起嚴重的不良后果。