目前臨床上還沒有根治系統(tǒng)性紅斑狼瘡的藥物，但是大部分患者能通過藥物治療緩解病情。系統(tǒng)性紅斑狼瘡的臨床治療，強調(diào)早期診斷、早期治療。需要根據(jù)病情的嚴重程度來使用不同的藥物治療，常用藥品為非甾體抗炎藥、抗瘧藥等。
1、非甾體抗炎藥：由于系統(tǒng)性紅斑狼瘡在發(fā)病期間，可能會使機體出現(xiàn)一系列的炎癥表現(xiàn)，如關(guān)節(jié)炎癥、肌炎等。當癥狀較輕，沒有累及主要器官時，建議在醫(yī)生的指導(dǎo)下，選用非甾體抗炎藥，該類藥物有抗炎、止痛、退熱等作用，可在一定程度上控制炎癥的發(fā)展，緩解病情。臨床上常用的有吲哚美辛、塞來昔布等；
2、糖皮質(zhì)激素類藥：系統(tǒng)性紅斑狼瘡在誘導(dǎo)緩解期，可使用適量的糖皮質(zhì)激素，由于該類激素藥具有較好的抗炎、抗過敏等作用，能在一定程度上使病情趨于穩(wěn)定，達到誘導(dǎo)緩解的效果，常用藥物包括甲潑尼龍、潑尼松等；
3、免疫抑制劑：由于系統(tǒng)性紅斑狼瘡屬于免疫復(fù)合物介導(dǎo)的疾病，當病情較重或難治性病例時，可給予免疫抑制劑，能在一定程度上控制系統(tǒng)性紅斑狼瘡的發(fā)展，保護臟器功能，減少復(fù)發(fā)的風險，常用的有硫唑嘌呤、甲氨蝶呤等；
4、生物制劑：由于系統(tǒng)性紅斑狼瘡屬于自身抗體的彌漫性疾病，而生物制劑可對細胞因子具有一定的調(diào)節(jié)作用，因此可以使病情得到改善，對細菌、病毒感染也有一定的治療作用，常用的有丙種球蛋白等藥物。
此外，若系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者出現(xiàn)反復(fù)性血栓，可能需要進行長期或終身的抗凝治療，常用藥物為阿司匹林、華法林等。