目前臨床上還沒有根治系統性紅斑狼瘡的藥物，但是大部分患者能通過藥物治療緩解病情。系統性紅斑狼瘡的臨床治療，強調早期診斷、早期治療。需要根據病情的嚴重程度來使用不同的藥物治療，常用藥品為非甾體抗炎藥、抗瘧藥等。
1、非甾體抗炎藥：由于系統性紅斑狼瘡在發病期間，可能會使機體出現一系列的炎癥表現，如關節炎癥、肌炎等。當癥狀較輕，沒有累及主要器官時，建議在醫生的指導下，選用非甾體抗炎藥，該類藥物有抗炎、止痛、退熱等作用，可在一定程度上控制炎癥的發展，緩解病情。臨床上常用的有吲哚美辛、塞來昔布等；
2、糖皮質激素類藥：系統性紅斑狼瘡在誘導緩解期，可使用適量的糖皮質激素，由于該類激素藥具有較好的抗炎、抗過敏等作用，能在一定程度上使病情趨于穩定，達到誘導緩解的效果，常用藥物包括甲潑尼龍、潑尼松等；
3、免疫抑制劑：由于系統性紅斑狼瘡屬于免疫復合物介導的疾病，當病情較重或難治性病例時，可給予免疫抑制劑，能在一定程度上控制系統性紅斑狼瘡的發展，保護臟器功能，減少復發的風險，常用的有硫唑嘌呤、甲氨蝶呤等；
4、生物制劑：由于系統性紅斑狼瘡屬于自身抗體的彌漫性疾病，而生物制劑可對細胞因子具有一定的調節作用，因此可以使病情得到改善，對細菌、病毒感染也有一定的治療作用，常用的有丙種球蛋白等藥物。
此外，若系統性紅斑狼瘡患者出現反復性血栓，可能需要進行長期或終身的抗凝治療，常用藥物為阿司匹林、華法林等。