吸入式疫苗副作用可能包含呼吸道不適癥狀、全身反應，少部分人群還可能會出現胃腸道不適癥狀，不過并不是每一個人在接種吸入式疫苗后都有副作用產生，并且根據每個人的體質不同，產生的副作用有所差異。
1、呼吸道不適癥狀：吸入式疫苗是通過口腔吸入的方式，已經霧化過的疫苗從呼吸道進入肺部，產生較好的免疫效果。但是在吸入過程中，部分患者的呼吸道黏膜比較敏感，可能會產生口干、咳嗽、咽喉腫痛、有異物感等呼吸道不適癥狀。可以通過多喝水緩解不適，一般不需要采取特殊治療。
2、全身不良反應：部分人群在接種吸入式疫苗后可能會出現全身不良反應，較為常見的有乏力、發熱、疲勞、頭痛等，這些癥狀一般不是特別嚴重，通過適當休息可以緩解，一般不需要采取特殊治療。
3、胃腸道不適癥狀：部分接種者在接種吸入式疫苗后，這些疫苗可能會進入胃腸道，對胃腸道形成刺激，患者可能會出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、食欲不振等胃腸道不適癥狀，如果癥狀不是特別嚴重，通常不需要采取特殊治療。但如果癥狀較為嚴重，建議及時就醫，遵醫囑使用雙歧桿菌三聯活菌膠囊、蒙脫石散等藥物治療。
除此之外，少部分過敏患者可能會出現過敏反應，這種情況較為罕見，建議患者及時就醫，采取抗過敏治療。