輕微發熱對消化系統影響沒有實際影響，嚴重發熱可能會影響其消化功能，導致消化不良、便秘等消化系統疾病。
發熱是機體在致熱原作用下或各種原因引起體溫調節中樞的功能障礙時，體溫升高超出正常范圍的現象。通常輕微的發熱，也就是低于38℃，此時通常不嚴重，不會對消化系統影響造成實際影響，患者可以通過額頭濕敷、貼退熱貼等方式進行處理，可以有效改善癥狀。
但是，如果患者發熱高于38℃，則比較嚴重，可能會導致消化酶的活性下降甚至喪失，進而影響消化功能，出現消化不良的情況；而且還可能會帶走機體大量水分，并發便秘的情況。建議患者及時前往醫院就診，通過體溫檢查、血常規的方式了解發熱情況，必要時可以按醫囑服用布洛芬片、對乙酰氨基酚片等退熱藥物進行治療。
同時患者應該多喝水，多吃新鮮的蔬菜和水果，如果發熱得到控制，消化不良、便秘還沒有得到改善，前者可以服用多潘立酮片、健胃消食片等促胃動力的藥物進行治療；后者可以按醫囑使用乳果糖口服液、開塞露等促排便的藥物進行治療。