懷孕早期發現卵巢囊腫是比較常見的婦科問題，尤其是在早孕期間。對于您提到的右側附件區3.73.3cm的囊腫，需要特別關注。
首先，卵巢囊腫是一種常見的婦科疾病，大多數情況下是良性的，但它的存在可能會影響妊娠和流產手術。在您的情況中，由于已經確定為早孕47天，建議在醫生指導下進行詳細檢查。
關于您提到的能否在流產時一并處理囊腫的問題，需要明確的是：流產手術主要是終止妊娠，而卵巢囊腫是盆腔內的結構異常，無法通過流產手術排出或去除。因此，流產后仍需針對卵巢囊腫本身進行治療。
對于卵巢囊腫的治療，醫生通常會根據囊腫的大小、性質以及患者的癥狀來決定是否需要處理。在您的情況下，3.73.3cm的囊腫屬于中等大小，建議采取以下措施：
藥物治療：如您提到的黃藤素片和桂枝茯苓膠囊，這些藥物可以幫助改善盆腔環境，促進囊腫吸收。
定期隨訪：通過超聲檢查觀察囊腫的變化情況，確保其沒有增大或發生其他異常。
手術治療：如果囊腫持續存在或出現癥狀（如疼痛、囊腫破裂等），則可能需要手術干預。
需要注意的是，在妊娠期間特別是早期妊娠階段，任何盆腔手術都可能對胚胎發育產生影響，因此必須在醫生指導下權衡利弊后再做決定。
此外，建議您保持良好的生活習慣，避免劇烈運動和過度勞累，定期復查，并遵循主治醫師的指導進行治療。卵巢囊腫雖然常見，但也需要及時關注和處理，以確保您的健康和未來的生育安全。
最后，無論選擇何種治療方案，請務必在專業醫生的指導下進行，切勿自行用藥或延誤就診時間。希望您早日康復！